朱翊钧即位时年仅十岁，由张居正等大臣辅政。张居正推行了一系列改革措施，如一条鞭法、考成法等，使明朝国力得到一定恢复。然而张居正去世后，朱翊钧亲政，逐渐怠于朝政，长期不上朝，导致朝政日益腐败。
万历年间发生了著名的"万历三大征"，包括平定宁夏哱拜之乱、播州杨应龙之乱以及抗倭援朝战争，虽然最终都取得了胜利，但也消耗了大量国力。朱翊钧晚年因立储问题与朝臣长期对立，引发了"国本之争"，进一步加剧了朝政的混乱。
朱翊钧统治时期，明朝社会经济继续发展，商品经济繁荣，出现了资本主义萌芽。但同时也面临着严重的财政危机、党争加剧以及东北地区后金的崛起等挑战。朱翊钧的陵墓定陵是明十三陵中唯一被考古发掘的皇陵，出土了大量珍贵文物。