陈乔枞在学术上继承了其父的衣钵，尤其擅长《尚书》学研究。他毕生致力于古籍整理与经学考证，代表作《今文尚书经说考》和《三家诗遗说考》是清代经学研究的重要著作。前者系统考证了今文《尚书》的传承与异同，后者辑录了汉代齐、鲁、韩三家《诗》说的佚文，为研究汉代经学提供了珍贵资料。
在文献学方面，陈乔枞参与了《福建通志》的编纂工作，并著有《礼堂经说》《闽中金石志》等。其中《闽中金石志》收录福建地区金石碑刻，具有重要的史料价值。他还整理了其父遗著《左海经辨》，并刊刻了多部家族藏书。
陈乔枞的学术研究以严谨著称，注重考据与实证，体现了乾嘉学派的治学特点。他与当时学者如林则徐、梁章钜等交往密切，对清代福建学术发展有深远影响。晚年主讲福州鳌峰书院，培养了大批人才，其学术成果至今仍被经学史研究者重视。