吴嘉纪早年家境贫寒，但勤奋好学，虽未入仕，却以诗名闻于乡里。明亡后，他坚守气节，拒绝与清廷合作，隐居乡野，以教书为生。其诗作主题广泛，既有对战争离乱的控诉（如《临场歌》），也有对百姓苦难的深切同情（如《煎盐绝句》），语言质朴而情感真挚。
他的代表作《陋轩诗》收录了其大部分诗作，展现了鲜明的现实主义风格。诗中常以白描手法刻画底层民众的生活，如盐民、渔民等，揭露社会黑暗，具有强烈的批判精神。吴嘉纪与同时期的屈大均、陈恭尹并称为“岭南三大家”，但其影响远超地域限制，成为清初诗坛的重要声音。
晚年贫病交加，仍坚持创作，直至逝世。其诗风对后世关注社会现实的诗人如郑板桥等产生深远影响。