祖甲在位期间延续了武丁时期的治国方略，注重祭祀与军事。甲骨文记载显示，他频繁举行祭祀活动，尤其重视对先祖成汤的祭祀，并改革了部分祭祀制度。军事方面，祖甲曾征伐西方部落，巩固了商王朝的疆域。
值得注意的是，祖甲是商代少数明确记载实行“兄终弟及”继承制的案例之一。后世文献如《尚书·无逸》中，周公曾评价祖甲“爰知小人之依，能保惠于庶民”，认为他体察民情、推行德政。但现代史学界对这段记载的可靠性存在争议。
祖甲统治时期，商王朝仍保持较强国力，但已显露出衰落的迹象。他死后由子廪辛继位，商朝逐渐走向衰亡。现存甲骨文中约有500余片与祖甲相关，为研究其统治提供了重要史料。