邓实早年投身于维新变法运动，后致力于文化事业。1904年，他与黄节等人在上海创办国学保存会，并出版《国粹学报》，宣传保存国粹、振兴民族文化的思想。《国粹学报》成为当时重要的学术刊物，对推动国学研究和古籍整理产生了深远影响。
邓实在古籍整理方面成就斐然，主持编辑《风雨楼丛书》《古学汇刊》等大型丛书，汇集了大量珍本古籍。他的藏书楼“风雨楼”藏书丰富，尤其以收藏明清史料和广东地方文献著称。
作为一位具有强烈民族意识的知识分子，邓实主张“保存国粹”与“吸收新学”并重，试图通过整理传统文化来唤醒民族精神。他的学术活动对近代中国文化的转型与发展起到了积极作用。